Železniční doprava
V roce 1827 se České Budějovice staly výchozím bodem koněspřežné dráhy do Lince, první v Českém království a v Rakousku. Ta byla o 50 let později přebudována na standardní železniční trať o rozchodu 1435 mm.
Dnes z Českých Budějovic vychází železniční trať 220 jako součást IV. tranzitního železničního koridoru z Německa přes Prahu do Rakouska. Rychlíky Praha – České Budějovice zde jezdí v hodinovém taktu a jízdní doba do stanice Praha hlavní nádraží činila v roce 2012 2 h. 36 min. se šesti mezilehlými zastávkami. Před rozestavěním železničního koridoru byla jízdní doba i kratší (např. 2 h 12 min. se zastavením pouze v Táboře roku 2003), po dokončení se počítá se zkrácením jízdní doby rychlíku ke 2 hodinám a nejrychlejšího vlaku až k 1,5 hodiny.
S Rakouskem jsou České Budějovice spojeny po tomto koridoru železniční tratí 196 do Summerau a dále do Lince. S Českými Velenicemi a rakouským městem Gmünd jsou spojeny tratí 199. Dále mají Budějovice také železniční spojení se šumavským Novým Údolím, a to tratí 194.
